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分子プロファイリング支援活動

班長 旦 慎吾(公益財団法人がん研究会)

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活動内容

本活動は、ケミカルバイオロジーおよびバイオインフォマティクスを動員した分子プロファイリング・分子探索基盤の提供により、優れた小分子バイオプローブの創出、生命現象に関与する機能分子の探索を支援します。これらにより、小分子〜細胞レベルの研究を分野横断的に推進するとともに、動物・個体レベルの支援への橋渡しを行い、我が国の生命科学の飛躍的進展に貢献します。

I. 分子プロファイリング支援|化合物が有する生理活性の解明・検証

支援対象者の化合物等の分子について、細胞の増殖と形態、遺伝子・タンパク質発現に対する影響を評価するとともに、統合データベースを用いたバイオインフォマティクス解析により、その作用点、分子機序を予測します。活用例として、支援対象者が単離もしくは創製した新規化合物の未知の生理活性の解明、小分子バイオプローブとしての特異性やオフターゲット効果の検証などに有効です。また、新設のFirst-in-mouse解析、ゼブラフィッシュ胚の表現型解析(アドホック支援)では、細胞レベルで見出した化合物の生理活性の動物・個体レベルでの妥当性検証、動物実験への効率的移行を支援します。

II. 分子探索支援|生命現象に影響を与える化合物・遺伝子・タンパク質の同定

化合物ライブラリー関連では、標的既知の化合物を独自にライブラリー化した標準阻害剤キットを配付し、生命現象の解明や薬剤ツールの探索を支援します。また、全国の研究者から寄託された新規化合物ライブラリーを整備し、化学者と生命科学者の異分野連携を推進します。
機能RNA関連では、次世代シーケンス解析を利用して、マイクロRNAの標的遺伝子の探索・同定・パスウェイ解析支援(新設)、バーコードshRNAライブラリーによる化合物・突然変異等の表現型の原因となる標的分子探索支援を実施します。
タンパク質相互作用関連では、化合物固定化ビーズを利用した被験化合物の標的タンパク質探索支援、ヒトプロテインアレイを利用した被験タンパク質の標的タンパク質探索支援を新たに導入します。また、アドホック支援制度により、表面プラズモン共鳴分析法による分子(タンパク質)間相互作用評価を支援します。
バイオインフォマティクス関連では、機械学習に基づく予測解析や、多重ロジスティック回帰分析などの生物統計解析を支援します。

III. 本支援活動の構成メンバー

メンバー 所属 役割分担
旦 慎吾 公益財団法人がん研究会 がん化学療法センター分子薬理部・部長 分子プロファイリング支援活動の総括、JFCR39細胞パネルの増殖解析による分子プロファイリング
馬島 哲夫 公益財団法人がん研究会 がん化学療法センター分子生物治療研究部・主任研究員 トランスクリプトーム解析による分子プロファイリング
田代 悦 昭和薬科大学・薬学部・准教授 細胞形態・表現型解析による分子プロファイリング
堂前 直 国立研究開発法人理化学研究所・環境資源科学研究センター・ ユニットリーダー プロテオーム解析による分子プロファイリング
松本 健 国立研究開発法人理化学研究所・環境資源科学研究センター・ 専任研究員 バーコードshRNAシークエンス技術による分子探索
川田 学 公益財団法人微生物化学研究会・微生物化学研究所 第1生物活性研究部・部長 First-in-mouse解析による分子プロファイリング、化合物ライブラリーの構築と配付
田原 栄俊 広島大学・大学院医系科学研究科(薬)・教授 小分子RNA標的遺伝子解析による分子探索
掛谷 秀昭 京都大学大学院・薬学研究科・教授 化合物標的タンパク質解析による分子探索
澤崎 達也 愛媛大学・プロテオサイエンスセンター 網羅的タンパク質相互作用解析による分子探索
松浦 正明 帝京大学・大学院公衆衛生学研究科・教授 バイオインフォマティクス支援
研究支援協力者
室井 誠 国立研究開発法人理化学研究所・環境資源科学研究センター・専任研究員 プロテオーム解析を用いた多変量解析
谷口 博昭 慶應義塾大学病院・臨床研究推進センター トランスレーショナルリサーチ部門・特任准教授 分子間相互作用解析システムによるタンパク質相互作用の評価
西谷 直之 岩手医科大学・薬学部・教授 ゼブラフィッシュ胚の表現型による分子プロファイリング

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